Папайя является большим травянистым вечнозелёным растением, которое достигает в натуральных условиях высоту 1,5-6 м. Ствол является одиночным, не одревесневшим, не обладает ветками, имеет зонтикообразную крону из разрезных больших листьев, вырастающих по спирали. Листья разделены на 5-9 сегментов, имеют диаметр до 60 см, вырастают на длинных черешках. Живут листья 4-6 месяцев, потом опадают, оттого взрослая папайя напоминает пальму.
Мужские цветы сосредоточены в большие метёлки, обоеполые и женские цветы – одиночные, растут в пазухах листьев на стволе на коротких стеблях. Цветы папайя являются белыми, пятилепестковыми, восковыми, со слабым ароматом. При подходящих условиях папайя способна цвести и плодоносить непрестанно в течение года, более изобильно в летние месяцы. Слабое благоухание цветков папайи нашло свое применение и в эмоциональном «сердце» парфюмерной композиции Provocative Woman от Elizabeth Arden, которое раскрывается нотами орхидеи, цветка папайи и розовой фрезии.